第2篇:PCR实验室
简介
Pcr实验室又叫基因扩增实验室。PCR是聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction)的简称。是一种分子生物学技术,用于放大特定的DNA片段,可看作生物体外的特殊DNA复制。通过DNA基因追踪系统,能迅速掌握患者体内的病毒含量,其精确度高达纳米级别,精确检测乙肝病毒在患者体内存在的数量、是否复制、是否传染、传染性有多强、是否必要服药、肝功能有否异常改变能及时判断病人最适合使用哪类抗病毒药物、判断药物疗效如何、给临床治疗提供了可靠的检验依据
条件
1、必须拥有标准的的PCR荧光实验室; 实时荧光定量PCR技术于1996年由美国Applied Biosystems公司推出 由于该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃,而且与常规PCR相比,它 有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高等特点,目前已得到广 泛应用。本文试就其定量原理、方法及参照问题作一介绍
2、检测设备必须符合标准PCR荧光实验室设置要求; 荧光定量PCR仪+实时荧光定量试剂+通用电脑+自动分析软件,构成PCR-DNA/RNA实时荧光定量检测系统。
3、必须通过国家临床检验中心的验收和认证;
4、检测人员必须通过国家临检中心业务培训并取得合格证书; PCR实验室内工作人员必须参加由国家卫生部或各省临床检验中心举办的临床基因扩增培训班,并持证上岗。PCR实验室通过验收,实验室至少必须应有两个以上持有“临床基因检测上岗证”。PCR实验室必须建立严格的实验室管理制度、建立标准化操作程序(SOP)、建立系列质量管理文件等,确保实验室日常运行符合国家卫生部的要求,确保检测结果准确、确保实验室卫生安全,确保实验室长期稳定运行
5、必须在无菌无尘环境下进行操作
功能
能够对患者病情进行科学、准确、实时的掌控,并结合抗HBV与T细胞免疫来打破免疫耐受,阻断肝病病毒复制的疗法、有效的分解肝炎病毒,解决了乙肝病毒易变异、耐药,病毒复制模板难以治疗,人体免疫耐受状态不易打破等医学难题,能迅速消除临床症状,而且有效抑制乙肝病毒复制,明显加快e抗原、抗体的血清转换速度,杀灭血液及肝细胞内的病毒,为防止再感染提供了长期保护,有效阻断和逆转肝纤维化、肝硬化进程。
建立方法
1、建立样品准备区
这个区域专门用作样品的准备,在制备和操作用于核酸提取的试剂时应该采取预防措施:⑴PCR产物和带有要扩增序列的DNA克隆不能在这个房间操作。⑵组织培养物、组织标本和血清样品都带进样品准备间处理,以根据应用的需要提取DNA或RNA。⑶用于样品处理的工具不能被用作普通分子克隆的工具,也不能用作操作靶序列。⑷DNA样品应该用有专门的防护或正压活塞式移液管操作,以防止在吸取样品时有气溶胶遗留。⑸大体积样品应该用单独包装的无菌一次性移液管吸取。⑹管子打开前都要简短离心以减少气溶胶的产生,而且管子不能用力崩开,这样会产生气溶胶。⑺任何时候都应该穿实验服和带手套,手套要经常更换,尤其在抽提过程中每一步之间都要更换。实验服要专门用于样品准备间,经常清洗。
2、样品准备和RNA-PCR RNA-PCR的额外步骤需要额外的样品操作,这样增加了样品之间污染的机会。为了避免这一问题,反转录一步可以在样品准备区进行。在RNA-PCR中应用UNG以防止污染的方法也有报道。
3、建立前PCR区。
该去专门用于准备各种反应,这个区域必须保持干净,而且没有来自克隆和样品准备的污染。前PCR区必须要有试剂和准备,特别是专门用于前PCR区的正压活塞式移液管。
4、PCR实验室试剂的操作。
⑴所用的所有溶液都应该没有核酸和(或)核酸酶(DNase和RNase)污染。⑵所有PCR试剂中使用的水都应该是高质量的-新鲜蒸馏的去离子水,用0.22μm过滤的,并且是高压灭菌。⑶在20℃到25℃贮存的试剂建议加点像叠氮钠一类的抗微生物剂,在扩增试剂或样品制备试剂中加入0.025%的叠氮钠不抑制扩增反应。⑷所用试剂都应该以大体积配制,实验一下看试剂是否满意,然后分装成仅够一次使用的量进行贮存。⑸所有试剂和样品准备过程中都要使用一次性灭菌的瓶子和管子。⑹新配制的试剂在用于准备新的标本之前应该加以检验。⑺样品准备和前PCR区所使用的移液管在不使用时都应该小心保存。
5、在前PCR区建立PCR混合物。
⑴可以把即刻可用的“主混合物”溶液配好、分装并保存在-20℃或4℃,在实验室只涉及到扩增一种或少数几种特异序列时这样做很有用。⑵如果你的实验室使用多套引物,以致于配制包括所有试剂的单一反应混合物不够经济,可以考虑分装保存够一天的PCR成分。⑶作为一个规则,应该保存一套阴性、弱阳性和强阳性对照样品来分析样品配制和PCR前过程的效率和洁净程度。而且,你也希望通过使用一个已知的弱阳性样品来验证你的样品缓冲液以证明里面不含扩增抑制物。⑷阴性样品要与每组样品同时做,以分析是否存在样品与样品之间的污染以及是否存在PCR产物的污染,阴性对照应该包括核酸以外的所有试剂。⑸当做阳性对照时,有两个理由决定了应该使用最少数量的核酸。⑹由于必须有对照反应,对照模板的特点应该予以考虑。
6、控制污染的方法。
已设计出很有力的酶学方法用来消除一种形式的污染—使用UNG,这一技术能有效地消除由PCR产物引起的污染。另一种控制污染的方法是使用紫外线,这种方法不能完全消除污染问题,但可以将污染降低几个数量级。
7、后PCR区PCR完成以后,需要分析样品并解释数据,应该留出一个专门用于反应后处理样品的地方。后PCR活动中使用的所用试剂、一次性耗材和仪器都必须是专门用于这一目的,决不能把实验室这一区域的试剂或仪器用于任何前PCR活动
第3篇:检验PCR
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 耗材质检的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-006
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耗材质检的标准操作程序 1.目的:保证每批用于临床基因扩增检验实验室的耗材质量能符合临床基因扩增检验实验室检验要求,保证新批次的耗材不对检验结果产生偏差。
2.适用范围:各种用于临床基因扩增检验实验室的离心管和吸头 3.操作人: 陈宇明
季秀玲 4.程序细则
所有验收标准均根据本实验室检验标本的要求制定,所制定的验收方法仅适用于本实验室耗材的验收。
4.1 离心管的验收 4.1.1 目测:检查离心管有无畸形、破损、盖子无法关闭。4.1.2 实验检测:每批随机抽样10个离心管用于实验检测。4.1.3 加半量生理盐水后,10000rpm 20min,如发现有管盖爆开或漏液情况发生,即认为该批离心管不符合本临床基因扩增检验实验室实验要求,作退货处理。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 可移动紫外消毒车使用的 标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-016
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4.1 当紫外灯管损坏时须更换紫外灯管,保证消毒的效果。4.2 消毒后应记录在临床基因扩增检验实验室日记录表中
记录
1.临床基因扩增检验实验室日记录表(样张).
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 可移动紫外消毒车使用的 标准操作程序 版 本 号:1.0
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室内质量控制的标准操作程序
1.目的:随时了解并控制临床基因扩增检验实验室检测的精密度变化。 2.适用范围:各种临床基因扩增检验项目检测全过程 3.相关职任人: 王洁 陈宇明 季秀玲 4.程序细则
4.1临床基因扩增检验实验室的室内质量控制指整个基因扩增检验的所有阶段,包括测定分析前的标本采集处理,测定中的核酸提取、扩增和产物分析以及测定后的结果报告各步骤的质量控制。
4.2质控物:1个试剂空白、1个阴性和2个水平的阳性质控与待测临床标本同等处理提取核酸及扩增检测,实验结束后将质控数据记录在临床基因扩增检验实验室日记录表中。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 室内质量控制的标准操作程序 版 本 号:1.0
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4.3阴性质控:仅有扩增反应液但不含扩增模板的反应管。
4.4阳性质控:HBV-DNA用已知的阳性质控品或HCV-RNA用临床阳性标本来监测核酸提取及扩增效率;用已提取纯化的靶DNA或cDNA来监测基因扩增的有效性。4.5实验有效性判断:临床基因扩增检验实验室负责人核对阴性、阳性质控品的检测结果值,若与预期结果相符,可判定待测标本测定结果有效,一旦质控中有出现任何检测结果与预期值不相符,均应判定实验无效。具体参见实验结果有效性判断的标准操作程序。
4.6定量结果判定:临床基因扩增检验实验室检测操作的工作人员用已知拷贝数的阳性标准品浓度梯度系列同步扩增检测,建立标准曲线(拟合度应≥0.970),然后根据标准曲线推算出待测样本的拷贝数。
4.7临床基因扩增检验实验室负责人使用Westgard多规则控制程序作为质控判断规则。
老婆我爱你 2022-8-17 16:14:08
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 室内质量控制的标准操作程序 版 本 号:1.0
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4.10.3分析时发现大批甚至所有的标本都扩增了(结果均有数值出现),判断为失控。 4.10.4 分析发现阳性对照没有扩增或者结果
4.10.5分析时发现所有标准曲线CT值与平时均至少相差+/-3或以上时,判断为失控。 4.10.6分析时发现标准品曲线数少于4个时,应判断为失控。
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4.11室内质评的持续性改进程序
4.11.1 每半年分别统计HBV-DNA和HCV-RNA在1年内(数据跨度多于1年的统计1年中的数据)的所有斜率、截距、回归率和每次用来构建标准曲线的标准品浓度梯度数量。求出均值和SD;分别统计临床基因扩增检验实验室每个操作的工作人员各个项目各个批号高低值质控品的CV值,分别求出各人所有高值质控品和低值质控品的CV值均数和SD。4.11.2
观察斜率、截距的均值±2SD所求出的值是否在所规定的范 围之内,观察回归率。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 室内质量控制的标准操作程序 版 本 号:1.0
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4.11.3 实施整改3个月后统计此3个月数据,对整改措施做出评估,写出对整改措施的评估报告,分析整改措施对检验质量改善、无效或者导致检验质量下降的原因。若统计数据表明措施无效或措施使实验质量变得更糟糕则去除该措施,根据分析的原因重新制定整改措施;若数据表明整改措施导致检验质量改善,应将整改措施中的内容在修改质量手册时写入。4.11.4所有书面整改措施报告、对整改措施的评估报告、统计资料存档保存至少2年。4.11.5 每季度统计HBV-DNA、HCV-RNA标本检测的阳性率、复做率、阴性率,以监测实验的质量。所有记录保存至少2年。
老婆我爱你 2022-8-17 16:14:47 复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 室内质量控制的标准操作程序 版 本 号:1.0
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参考文献
1.乙型肝炎病毒(HBV)核酸扩增(PCR)荧光定量检测试剂盒使用说明书.2.冯仁丰.统计质量控制.冯仁丰主编.临床检验质量管理技术基础.上海:上海科技技术文献出版社,2022:151-241.3.吴星,王佑春,张华远等.乙型肝炎病毒DNA国家定量标准品的研制及初步应用.中华肝脏病杂志.2022,11(7):402-404.相关文件
1.临床基因扩增检验实验室实验结果有效性判断的标准操作程序.《临床基因扩增检验实验室标准操作程序(第一版)》.2022:120-123.记录
1.华山医院2022年1~4月临床基因扩增检验实验室HBV和HCV截距统计表.2.临床基因扩增检验实验室日记录表(样张).3.室内质控失控记录表(样张).
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 室内质量控制的标准操作程序 版 本 号:1.0
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复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 室间质量控制的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-018
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室间质量控制的标准操作程序
1.目的:室间质评(EQA)是临床基因扩增检验实验室质量控制体系中重要部分,是保证患者检验结果和其报告的准确性和可靠性,以及各临床基因扩增检验实验室间结果的可比性的重要手段。
2.适用范围:临床基因扩增检验室 3.相关职任人: 王洁 季秀玲 陈宇明 4.程序细则
4.1
室间质控标本的处理、检测和结果上报 4.1.1 质控标本的接收和验收:收到质控血清后由临床基因扩增检验实验室负责人登记、签字,根据质控标本的有关说明对血清的数量、批号、包装进行验收并将质控标本按要求置-20℃保存于样本准备室。4.1.2 室间质控若需要复溶的,检测前先根据说明对质控物进行复溶。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 室间质量控制的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-018
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4.1.3 质控样本必须按临床基因扩增检验实验室常规工作进行,由进行常规工作的人员检测,工作人员必须使用临床基因扩增检验实验室的常规检测方法和试剂,不得特殊对待。检测结果须在截止日期前上报。4.1.4 严禁与其它临床基因扩增检验实验室交流室间质评的检测结果。4.2 室间质控的持续性改进程序:分析前(降低样本拒收率)、分析中(缩短TAT)、分析中(减少报告补发率)。
4.2.1质控的检测结果和反馈结果均记录于室间质控记录表,临床基因扩增检验实验室负责人根据反馈结果分析室间质控的状态,如有出控(无法接受的结果)应查找原因,采取相应的措施,并写出书面整改报告。 4.2.2 检查收到标本后存放至报告发出的冰箱温度记录,观察是否有温度过高的记录,若有则可能是冰箱温度失控导致DNA或RNA的降解;若没有冰箱温度失控问题,应排除标本收集保存方面的问题。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 耗材质检的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-006
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4.2 吸头的验收 4.2.1 目测:检查吸头有无畸形、破损。4.2.2 实验检测:每批随机抽样10个吸头用于实验检测。4.2.3 套上适合的吸头吸取适量液体,观察加样器的吸孔,在排除堵塞、漏气等加样器因素后,如有异常发现,即认为该批吸头不符合本临床基因扩增检验实验室要求,作退货处理。4.3 抑制物试验 4.3.1 所有新购买的耗材必须经过抑制物试验,证明与前批次耗材没有抑制物差别方可正式启用,经上述检测发现有不合格情况,作退货处理。4.3.2 参与抑制物试验的离心管必须经(121±2)℃15min高压消毒灭菌并烘干,带滤芯的吸头应该直接参与抑制物试验。4.4 按照试剂质检的标准操作程序,同时用老批号的耗材和新批号的耗材处理后,同时上机扩增,若发现使用新批号耗材的结果与用老批号耗材的结果无系统性降低则说明新批号耗材通过抑制物试验。将实验结果记录在耗材验收记录表中。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 耗材质检的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-006
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参考文献
1.乙型肝炎(HBV)荧光定量PCR检测的标准操作程序.《临床基因扩增检验实验室标准操作程序(第一版)》.2022:97-102.2.禽流感病毒通用荧光RT-PCR 检测方法.中华人民共和国国家标准 GB/T 19438.1-2022 相关文件
1.试剂质检的标准操作程序《临床基因扩增检验实验室标准操作程序.(第一版)》.2022:17-21.记录
1.耗材验收记录表(样张).
老婆我爱你 2022-08-14 15:09:04 复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 试剂质检的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-007
生效日期:2022年03月01日
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试剂质检的标准操作程序
1.目的:保证每批用于临床基因扩增检验实验室的试剂质量良好,符合要求。
2.适用范围:各种用于临床基因扩增检验实验室的核酸扩增荧光检测试剂(HBV、HCV)3.操作人:季秀玲、陈宇明 4.程序细则
4.1 收到试剂后,目测试剂是否处于冻存状态。
4.2 核对试剂品种和数量并检查包装:外包装(厂名厂址、检测项目、批准文号、批号和有效期等)和内包装(试剂瓶完整性、真空包装完整性、使用说明书有否等)。4.3 及时将试剂转入试剂准备室的-20℃冰箱保存。将标准品和阴阳性质控品保存在样本准备室的-20℃冰箱保存。
4.4 最迟在前批次试剂存量可维持常规实验一周时,按如下要求对新批号试剂进行效验实验1。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 试剂质检的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-007
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4.5 效验实验1:在使用前批次试剂进行常规实验的同时带上少量新批次的试剂。用新批次试剂空白、阴性质控、低值阳性质控品、高值阳性质控以及2个随机选中的标本,若阴阳性质控结果均与前批试剂差别不大,2个标本的结果与前次结果均相符,可通过验收。若试剂空白、阴性质控出现阳性结果、低值阳性质控品出现阴性结果或结果偏差太大等情况时要求对新批号试剂进行效验实验2。4.6 效验实验2: 4.6.1 要求设置:试剂对照、阴性质控、低值阳性质控品、高值阳性质控各一管,阳性标准品梯度(10
3、10
4、10
5、10
6、107)。 4.6.2 出现如下情况中任何一种的,判断为试剂不合格,不能用于临床检测:a)空白对照出现扩增。如扩增曲线CT值大于27,需重复实验确证试剂污染。b)阳性对照和阳性标准品均未检出,或阳性对照未检出而阳性标准品检出率大幅下降,表示试剂失效或检测灵敏度大幅下降。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 试剂质检的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-007
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4.6.3 阳性对照未检出,阳性标准品检测正常,提示样品提取液可能存在问题。重复新旧提取液阳性对照实验,确定提取液失效问题。更换提取液后该批试剂方可使用。空白对照没有扩增,阴性质控出现扩增,排除其他污染可能性后,提取液存在污染可能。单独用提取液点样上机,出现扩增,需更换提取液后方可使用该批试剂。4.6.4 阳性对照检出,阳性标准品未被检出或扩增曲线明显系统性CT值偏大3个循环以上。提示阳性标准品存在问题。更换阳性标准品后该批试剂方可投入使用。4.6.5 阴性质控没有扩增,阳性对照正常检出,相关性(-0.97~-1之间)均在使用范围内,表明该批试剂良好,可以投入临床使用。4.7 将实验结果记录在试剂验收记录表中。
老婆我爱你 2022-08-14 15:10:10
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 仪器设备管理的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-008
生效日期:2022年03月01日
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仪器设备管理的标准操作程序
1.目的:保证临床基因扩增检验实验室的仪器设备得到妥善的管理,保障工作正常进行。 2.范围:临床基因扩增检验实验室的所有仪器设备
3.职责:仪器设备的管理、维护、保养等的具体事项由临床基因扩增检验实验室负责人负责管理。
4.程序细则
4.1 临床基因扩增检验实验室各实验室的仪器设备各实验室专用。
4.2 建档管理:需要建档管理的临床基因扩增检验实验室仪器设备应包括ABI PRISM 7000型荧光定量PCR仪、微量加样器、高速台式冷冻离心机、生物安全柜。4.2.1 建档的临床基因扩增检验实验室仪器设备的一般情况应包括:名称、制造商名称、型号、序号或其它唯一性标识、接受日期和启用日期、目前放置地点,接受时状态等。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 仪器设备管理的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-008
生效日期:2022年03月01日
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4.2.2 建档的临床基因扩增检验实验室仪器设备的相关文件包括:仪器设备的说明书,操作手册,保修卡等,有关文件(或复印件)的文件序号,名称,校准和/或检定的日期和结果以及下次校准和/或检定的日期、迄今所进行的维护和今后维护计划的细节、管理负责人等。4.2.3 临床基因扩增检验实验室仪器设备的损坏、故障、修理须作如下记录:日期、仪器名称、故障现象、检查情况、处理意见、处理结果、维修人员签名等。4.2.4 有问题的临床基因扩增检验实验室仪器设备加贴明显的黄色停用标识,标识上应有停用日期及原因;可搬动的仪器移至装备科报修,不可移动的设备应该盖上布,封存待修。4.2.5 修好的临床基因扩增检验实验室仪器设备重新经校准、检定或检测合格方能再次投入使用。
复旦大学附属华山医院 检验医学中心 上海市乌鲁木齐中路12号 200040 仪器设备管理的标准操作程序 版 本 号:1.0
文件编号:HS-JY-CZ-PCR-008
生效日期:2022年03月01日
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4.2.6 临床基因扩增检验实验室仪器设备的报废处理:因使用寿命、损坏、故障导致仪器设备不能满足检测需要时,该设备可报废。由临床基因扩增检验实验室负责人填写报废申请,检验医学中心主任核实,装备科批准后由许小凤在设备档案中签名注销。
4.2.7 临床基因扩增检验实验室的仪器设备按照规定需要进行校准和检定的有:温度计、温度湿度计、微量加样器、ABI PRISM 7000型荧光定量PCR仪。校准报告至少留档保存2年。参考文献
1.申子瑜,李金明等.临床基因扩增检验实验室技术验收表.申子瑜,李金明主编.临床基因扩增检验技术.北京:人民卫生出版社,2022: 196-201.
第4篇:PCR检验
聚合酶链式反应是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。因此,无论是化石中的古生物、历史人物的残骸,还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液,只要能分离出一丁点的DNA,就能用PCR加以放大,进行比对。这也是“微量证据”的威力之所在。由1983年美国Mullis首先提出设想,1985年由其发明了聚合酶链反应,即简易DNA扩增法,意味着PCR技术的真正诞生。到如今2022年,PCR已发展到第三代技术。1973年,台籍科学家钱嘉韵,发现了稳定的Taq DNA聚合酶,为PCR技术发展也做出了基础性贡献。
PCR(聚合酶链式反应)是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链,低温(经常是60°C左右)时引物与单链按碱基互补配对的原则结合,再调温度至DNA聚合酶最适反应温度(72°C左右),DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。基于聚合酶制造的PCR仪实际就是一个温控设备,能在变性温度,复性温度,延伸温度之间很好地进行控制。
荧光定量PCR技术检测的报告形式 一,拷贝数的意义:
表示原始标本内可供探针结合的核酸片段数量
二,拷贝数与病原体的关系:
拷贝数与病原体的数量成正相关
三,报告形式:1如果标本量是可以定量的,如血液等,则检测结果报告为:IU/ml(可溯源到国际标准物质的标准品)如HBV-DNA:检测下限:100IU/毫升 即:
Ct值得意义
扩增越靠后定量的重复性就越差
--扩增末期,扩增效率可能因为大量的靶序列而产生不可控的影响,偏离线性--在Ct值处重复性非常好--荧光定量技术要求在低浓度进行
荧光定量PCR在临床中的应用 一,感染性疾病 1,肝炎病毒定量检测
2,结核杆菌及呼吸道病原体检测 3,优生优育(TORCH)相关项目检测 4,性病病原体检测
5,手足口病相关病毒EV71,柯萨奇病毒的检测 二,肿瘤个体化诊断与治疗 三,遗传性疾病 四,疾病风险评估
乙型肝炎病毒(Hepatitis B)
HBV基因分型与CHB(临床遗传性疾病)的关系 全基因组测序HBV可分为A.B.C.D.E.F.G.H 8个基因型 HBV基因型--HBV基因型与病毒复制及病毒标志物表达的关系--HBV基因型临床疾病谱及疾病预后的关系--HBV基因型与抗病毒疗效之间有关系
血清学指标(-)不能排除HBV感染 HBeAg(-)/HBV-DNA(+)编码e抗原的pre C区基因极易出现变异,在pre C区出现终止密码子,在pre C区基因与C区基因不能转译出完整的e抗原。导致HBeAg表达缺失,机体感染HBV不表达HBeAg,当然血清学方法也不能检测出HBeAg的存在。
HBV基因型---HBV基因型临床疾病谱及疾病预后的关系--HBV基因型是影响慢性乙型肝炎的临床转归的主要决定因素之一。
--HBV感染的临床转归一方面决定于患者的年龄和免疫能力,另一方面与基因型种类密切相关。在B,C为优势地区,C型具有较强的疾病能力,预后差;在以A,D为优势的地区,D型具有较强的致病性,肝病严重,预后不良;基因型C在乙肝后肝硬化的发病中起一定的作用,然而基因型B与年轻无肝硬化患者肝癌的发生有关。
HBV基因型与抗病毒疗效之间有关系
--干扰素抗病毒疗效与HBV基因型有一定的相关性,基因C和D对干扰素的治疗反应比基因型A和B要差
(HBV基因型与病毒复制与清除。病毒变异.临床表现.治疗应答和预后均有关系,提示不同基因型具有不的致病性)
HBV DNA与疾病的诊断 HBV DNA与乙肝”两对半“
---”两对半”:机体的免疫反应状态,为间接指标----HBV DNA是乙肝病毒的遗传物质,是病毒存在和复制的最可靠,最直接的指标。
----“携带者”,“大三阳”,“小三阳”等免疫学指标不能反应体内病毒复制水平与感染程度。
“大三阳”与HBV-DNA:
“ HBsAg(+)HBeAg(+)HBcAb(+)”提示患者体内HBV-DNA呈活动性复制,传染性强,荧光定量PCR方法检测HBV-DNA阳性检出率大于80-90%,且病毒载量>10的六次方IU/ml “小三阳”与HBV-DNA:
“ HBsAg(+)HBeAb(+)HBcAb(+)”,HBV-DNA阳性率为40-80%左右,且病毒载量
HBeAb(+)表明HBV复制处于较低水平并可能和宿主DNA发生整合,导致含量较低,应进行HBV-DNA定量检测。
常规结核病实验室诊断方法及不足--细胞培养“金标准”,周期长
--痰涂片作抗酸染色:灵敏度差,检出率《30%。特异性差,无法将结核杆菌和其他分枝杆菌区分开--血清学诊断:交叉反应,假阳性
FQ-PCR诊断结核的关键点
--痰液,肺及支气管灌洗液--肺结核--血液-播散性结核和各脏器的结核病--脑脊液-中枢神经系统结核病
--宫颈拭子,尿道拭子-泌尿生殖系统结核病--胸水-结核性胸膜炎--腹水-结核性腹膜炎
HCV的基因型/亚型 {6个型,68个亚型}-1a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m-2a,b,c,d,e,f,g,h,i,k,l,m-3a,b,c,d,e,f,g,h,i,k,-4a,c,d,e,f,g,h,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t-5a-6a,b,d,f,g,h,i,j,k,l,m,n 中国亚型1b(66%),2a(14%),对抗病毒治疗应答不同,因此治疗方案不同。HCV的基因耐药突变
特异基因靶向治疗(小分子抑制物)中靶点编码区的耐药--HCV蛋白酶(NS3-4A)--RNV酶(NS5b)HCV的基因型与药物治疗--现知欧美国家多数HCV-1型感染,而亚洲国家以2型为主,三型次之
--三型感染临床症状较重,有引起严重肝病的倾向--1b型感染对干扰素治疗不敏感,效果差,2a型感染用干扰素治疗效果好。
HCV RNA 定量的临床意义????
TORCH感染特点
--母婴传播的主要病原体
--引起胎儿畸形新生儿缺陷的重要原因--自然状态下呈隐性感染
--怀孕,多次输血,AIDS等易发生显性感染--可致多发性,全身性感染
--只有风疹可获得长久的免疫力,可用疫苗预防 TORCH相关病原体检测-弓形虫(TOX)-风疹病毒(RV)-人巨细胞病毒(HCMV)-单纯疱疹病毒(HSV-2)
基因检测与预测医学
基因检测使预测医学称为可能。疾病分险基因,易感基因的检测,不同人群差异基因的检测,可以全面评估个体对相关疾病的患病风险,从而预测疾病的发生,早期干预,预防。
结核杆菌与呼吸道病原体检测--结核杆菌(TB)--EB病毒(EBV)--肺炎衣原体(CP)--肺炎支原体(MP)常见性传播病原体检测-淋球菌(NGH)-沙眼衣原体(CT)-解脲支原体(UU)-梅毒螺旋体(TP)-单纯疱疹病毒(HSV)-乳头瘤病毒(HPV)-人类免疫缺陷病毒(HIV)
第5篇:PCR实验室
高端PCR实验室控制设计说明
PCR实验室即分子生物学实验室,在医疗、科研、生物技术方面得到广泛的应用。因其在不同行业的应用各有区别,在具体设计时也有不同之处,就医疗机构的应用而言,主要使用三区或四区设计,即试剂准备区、样品提取区、扩增分析区;此类三区设计时候应用于类似荧光定量型或同类PCR分析设备,及扩增与分析过程在设备内一次完成。而四区设计在三区的基础上讲扩增分析区拆分为扩增区与分析区适用于其他类型的pcr设备及手工处理。
在PCR实验的设计上,经过多年的经验累积,已经在一些关键技术上达成了共识。因为PCR实验中所产生的DNA与RNA片段过于微小,以至于可以穿透高效过滤器,所以在实验室设计上已经不在强制要求设计高效净化系统,但是为了提高实验环境水平及保护实验室内的敖贵设备方面,如果在具备条件的情况下可考虑追加高效空气净化系统;建议净化级别万级。在PCR实验中所产生的DNA与RNA片段污染是一直以来PCR实验的重点问题。此类污染主要至上次试验中所产生的基因片段对下次试验产生的污染,而且一旦试验环境中的污染形成后很难处理。因为消毒等传统方式对于基因污染没有很良好的效果。所以在PCR实验室设计中一般将整套实验室设计为全新风型实验室,这样而已通过有效的换气次数来达到净化室内污染的作用。而在控制方面也有很多不同之处,因为各单位对PCR实验的重视程度各有不同,所以在设计上也有不同,主要的控制设计有定送定排式压力控制系统、变送定排式压力控制系统变送变排式压力控制系统。在控制设备方面也有很多区分如压力无关型控制系统、压力有关型控制系统。
根据业主要求,本PCR实验室为三区设计,各区可独立使用,不设置高效过滤系统等相关要求,根据业主以上要求,我方给出的设计方案为压力无关型变送变排压力控制系统。本系统的特点是,设备启动后可根据实验室内使用节点调节送风量及排风量来控制各房间状态,系统说明见下图
每个房间可分别控制,使用时通过房间开关输出启动信号,当设备接到启动信号时设备运行,运行中根据管道压力反馈决定变频器大小,房间内送排风量由压力无关型风量调节阀控制。 当有多个房间开启或关闭时,设备更加管道压力反馈,调节设备变频器增加或减少送排风量来稳定管道压力。各房间内压力又房间内的压力无关型定风量阀进行控制。
当BSC(生物安全柜,B2全排)开启时BSC专用供风机组运行,BSC-供风机-排风机连锁运转。
当BSC做变风量调节时,根据房间内压力变化,BSC专用供风机组前安装的压力无关型变风量调节阀根据压力变化增减送风量,确保房间压力执行在可控范围内。
当房间不适用时,房间与缓冲间均关闭电动密闭阀,确保房间处在密闭状态避免布朗运动造成的可能污染风险。
房间换气次数均按照一定净化标准设计,当室内污染发生时,通过一定时间的换气处理后,污染问题可以基本解决。 本系统如果业主需要,可在室内送风口末端加装高效过滤设备,房间可升级为净化型实验室。
压力无关型风阀简介:压力无关型风阀的特点是不会根据管道压力的变化而影响风阀内部的送风量,在一定管道压力区间内能够自行调节阀体阻力,来稳定送风量,是高端实验室必备的关键部件,目前此类阀体技术均有国外生产厂家控制,目前国内主用使用的产品有妥思、文丘里、西门子等品牌。
pcr室验收整改措施(共)
pcr室验收整改措施(共7篇)
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